星际战甲新纪之战的核心剧情围绕时间悖论与虚空力量展开，玩家在结局中面临的关键选择实质是不同时间线的交汇。剧情中存在三个指挥官：现在（被刺伤跌入虚空的玩家角色）、未来（漂泊者）以及过去（扎里曼号上的年轻指挥官）。这种设定通过唯现在论与永恒论两种时间观解释——前者认为只有当下真实存在，后者则类似量子理论中的叠加态，未来具有不确定性。结局中玩家通过虚空力量实现时间线干预，最终将不同时间线的自我归一，本质是对虚空本质的探索与自我力量的觉醒。
虚空在剧情中被塑造为超越时间维度的存在，它允许过去、现在、未来的角色同时出现且不受悖论影响。漂泊者的出现填补了扎里曼号事件的关键空白：正是未来的指挥官拯救了过去的自己。这种闭环叙事通过游戏机制体现，例如完成任务后玩家可自由切换指挥官与漂泊者形态。结局动画中三个形象交替闪现，暗示归一并非时间线的合并，而是对虚空力量的完全掌控。选择救莲妈的具体角色（指挥官或漂泊者）不影响剧情走向，仅决定后续操作视角。
平行时间线是隐藏设定，漂泊者代表薛定谔猫理论中盒子开启后的一种结果。当玩家选择你-我而非你-你时，实际确认了漂泊者时间线的独立性。这种设计将科幻常见的平行宇宙概念与游戏机制结合，例如玩家切换形态即跨越时间线。剧情未明确解释漂泊者如何存活并成为独立个体，但线索指向虚空的干预——包括被Lotus用虚空能量轰击后进入的扎里曼号幻象，以及漂泊者台词中我是被困住的你的悖论表述。
结局的哲学内核在于对存在的探讨。归一的本质是接受所有时间线的自我，而非否定某一阶段。这种处理既避免传统时间旅行题材的因果矛盾，又贴合星际战甲一贯的虚空神秘主义基调。玩家最终对抗的并非具象敌人，而是对虚空力量的认知局限。剧情未给出虚空起源的确切答案，但通过角色对话暗示其凌驾于物理法则之上，甚至可能成为后续故事的关键伏笔。
新纪之战结局的实际影响体现在游戏机制而非叙事层面。玩家获得形态切换的自由，但核心矛盾并未彻底解决。莲妈的状态、虚空的真相等问题仍留有悬念，这种开放设计为后续内容保留空间。剧情刻意淡化道德抉择，无论选择哪条时间线，最终都导向对虚空力量的更深层理解。这种处理强化了星际战甲探索未知的核心主题，而非单纯的正邪对抗。
