团队副本是多人协作挑战高难度关卡的主要玩法，也是获取高级忍具提升战力的关键途径。目前游戏内主要的团本包括佩恩入侵、忍界大战和尾兽战场等。打团本需要消耗挑战券，奖励通常每周可领取两次，所以别浪费次数。进入团本前，你的角色等级需要达到对应要求，比如忍界大战团本就要求达到135级。对于新手来说，最关心的问题莫过于需要多少战斗力才能打。普通难度的团本，平均战斗力达到700万左右就具备了通关的基础，而如果想挑战奖励更好的修罗难度，则建议战力提升到900万以上会更稳妥。一开始不用强求修罗难度，先从普通本熟悉流程和机制才是正路。
在正式开打前，选择合适的忍者是成功的一半。团本里的怪物和BOSS大多不吃控制技能，他们经常处于霸体状态，所以挑忍者时别选那些依赖浮空连招或者控制打伤害的。高手们通常推荐像秽土三代、须佐鼬这类范围伤害大、技能释放安全甚至有无敌帧的忍者，他们清小怪快，打BOSS时也容易躲技能。特别是须佐鼬，一技能的无敌效果能帮你规避不少致命伤害。相反，像桃地再不斩或某些副本限制角色最好避免使用。对于战力还不够高的新手，优先提升攻击类的属性会比堆生命防御更实在，因为团本很多时候讲究快速击杀。如果你手里没有那些强势的S忍，一些A级忍者比如千代，或者小奇拉比这种技能不浮空、能稳定输出的也是不错的选择，记住核心是别选那些技能会妨碍队友或者把自己置于险地的忍者。
每个团本都有好几个阶段，每个阶段的目标和BOSS机制都不同。以忍界大战团本为例，第一关通常是清理大量白绝，这关没啥难度，大家一起放技能快速清掉就行。第二关往往会出现多个BOSS，需要各个小队分别进入对应的房间挑战，这里切记不要跑到别的队伍房间去打别人的BOSS，这会扰乱整个团队的攻略进度。第三关开始难度上升，经常会遇到像金角银角这样的组合BOSS，这时候攻略就有窍门了，比如需要大家先反复击败场上的秽土阿斯玛来削弱金银角的防御或封印值，等他们的状态被削弱到一定程度后再集中火力攻击本体。打BOSS时要注意走位，多利用Y轴上下移动来躲避地面的范围攻击，看到BOSS有明显的技能起手动作就赶紧跑开。
关于最让人关心的究极忍具获取，这里有个保底机制你需要知道。像佩恩入侵修罗和忍界大战这类团本，设有积分系统。每次你挑战团本却没有获得究极忍具时，系统会给你累积一定的积分（比如30分），当积分达到500分这个保底线时，下次挑战就必定会掉落一个究极忍具。所以坚持每周打满两次团本，是稳定推进保底进度、最终拿到好奖励的最踏实方法。除了直接掉落，你还可以通过分解多余的忍具，用材料去合成更高阶的忍具，这也有概率出究极品质。能不能出好货，一个很核心的硬条件是队伍必须满员（比如10人）且所有队员都全程参与，如果有人中途掉线或者提前领过奖励了，整个队伍的掉落几率都会受到影响。
