使用船只进行城市间资源运输是游戏物流系统的关键环节，玩家首先需要修复码头才能启用船只功能。在应天府界面最下方找到废弃码头选项，点击后完成修复工作。修复成功后，点击屏幕左下方的应天府印选择进入大地图，此时地图上会显示帆船图标，点击图标即可启动船只运输界面。这一过程为后续物资调配奠定了基础，让玩家能够统筹不同城市的资源需求。
船只启动后，玩家需要选择目标城市作为目的地，接着指派特殊居民负责运输任务，并挑选需要运送的各类物资。完成选择后点击出发按钮，船只便会启程执行运输任务。由于各城市资源产出成本不同，明智的物资调配能显著提升发展效率，例如将基础资源从产出丰富的城市运往稀缺地区，确保整体经济的平衡与增长。
船只运输功能并非一开始就可用，玩家必须首先解锁苏州区域才能开启跨城物流。码头本身支持升级改造，通过投入资源提升等级后可以增加同时运作的船只数量，从初始的一艘逐步扩展至最多三艘，从而大幅提高运输频次和资源流转速度。合理规划码头升级顺序能优化玩家的长期发展战略。
除了基础船只运输，游戏还设计了漕运等衍生玩法丰富物流体验。在漕运系统中，玩家通过司南获取通航步数来决定船只航行距离，不同码头消耗步数各异，运输奖励包括玉石、粟米等特殊资源。漕运任务会定期刷新，完成这些任务能为城市建设提供额外支持，但核心机制仍围绕着船只的调度与资源管理展开。
